Предусмотрены расчистка и укрепление береговой полосы, создание систем мониторинга для снижения уровня загрязнения стоков бассейна Азовского моря, улучшение состояния особо охраняемых природных территорий, строительство, модернизация и реконструкция очистных сооружений и ливневых канализаций, а также снижение уровня негативного воздействия на водные объекты от ликвидированных шахт угольной промышленности.
Среди основных экологических рисков Азовского моря, как отмечают ученые, увеличение солёности с 10% до 12-16% в центральной части и Таганрогском заливе, и как следствие сокращение ареала и численности пресноводных рыб и рост численности медуз. Ожидается, что к 2030 году их начнут вылавливать промышленным способом. Ученые Азово-Черноморского филиала Всероссийского НИИ рыбного хозяйства и океанографии предложили использовать медуз в качестве активных веществ для медицинских препаратов и пищевых добавок.
Однако выловом медуз ситуацию не исправить. Ухудшение кислородного режима, поступление промышленных и бытовых стоков приводят к массовым заморам рыбы. Кроме того, ученые прогнозируют увеличение засушливости в регионе, что также отразится на водном балансе моря.